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仅用于生命科学研究,不用于诊断
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RNA Capture 找回那些重要的基因

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转录组测序(RNA-Seq)是了解一个物种或特定细胞在某一功能状态下所有基因表达的直接做法,但是mRNA-Seq往往需要进行rRNA去除或者polyA尾富集实验步骤;目前最热门的lncRNA-Seq则往往需要超过10Gb以上的测序量;全转录组中还有大量未知功能的RNA值得探索和研究。

NimbleGen于2015年推出RNA系列捕获产品,通过对探针的设计可以准确捕获所需区域RNA序列,配合control序列仅需RNA-Seq 1/20的测序量即可实现对转录本的准确定量;其优化的实验步骤无需rRNA去除或polyA尾富集等操作,进一步减少实验成本,为您的转录组研究提供新的有利工具。
        




如上图所示,对转录本进行捕获后再测序,不仅没有对转录本的表达丰度产生偏好性,还大大降低了测序量。此外,标准的RNA-seq需要rRNA去除的实验步骤,而SeqCap RNA捕获则可以直接使用总RNA。而SeqCap RNA实验过程中所掺入的ERCC control序列则可以辅助测序结果进行准确的转录本表达量定量工作,获得准确的FPKM值。
常规的RNA-seq所遇到的最大挑战来自于细胞内那些数量较少但表达量非常高的转录本。如下图如示,细胞内仅占1%数量的基因由于表达量高,占用了近70%的测序数据,导致那些数量超过一半的低表达丰度的基因难以被直接测得,或是测序量极少而难以加以分析。NimbleGen SeqCap RNA捕获系统正可以解决常规RNA-seq所面临的问题。通过对转录本序列的富集,不仅可以保持对转录本的常规定量,更可以观察基因融合、低丰度转录本的发生和序列变异情况,帮您更好地研究细胞内所有转录组序列及其生物学功能。
   
图B 对HBRR标准品进行RNA捕获后进行280Mb的测序结果
图A 对HBRR标准品进行10Gb的常规RNA-seq测序结果
SeqCap Exome EZ           SeqCap Epi               SeqCap Exome Choice/Develop